已经发现的徽州文献是我们可资利用和研究的珍贵历史资料，它们大多都已得到妥善的保存与保护，并陆续得到整理和研究。而大量散落在民间的徽州文献，境遇却十分令人担忧。一方面，它们由于得不到保护，正在遭受自然和人为的损耗、损坏，许多已遭虫蠹、水蚀、掉页，失去其供研究利用的价值。另一方面，由于缺乏有关的法律法规及管理，徽州文献大量流入市场，被一些人贩买贩卖，其后果是相当糟糕的：第一，文献大量流失，加大了抢救与整理的难度和经济承受程度：第二，破坏了徽州文献本身的文化价值。尤其是徽州文书中的私人文书原本是统一的、一家一户的。可一旦上了市场，卖者总是要根据品像挑选而分开售卖，买者则总是根据自己的喜好挑捡着买。这样，整体性便受破坏，户属性丧失，文书的研究价值也就大大降低。可以说，徽州文献的抢救与整理现状是十分严峻的。